Kościół pw. Św. Anny położony jest naprzeciwko dworu Tęczyńskich, obecnie plebanii. Pierwotnie drewniany, prawdopodobnie wystawiony przez Andrzeja Tęczyńskiego jako kaplica dworska w czasie lokacji miasta. Przypuszcza się, że fundator wybierając wezwanie dla tej świątyni chciał uhonorować swoją matkę, Annę z Konińskich, wychowującą go po tragicznej śmierci ojca w czasie wyprawy Jana Olbrachta do Mołdawii.

Obecnie istniejący, wybudowany w stylu architektonicznym nazywanym „renesansem lubelskim”, został konsekrowany w 1613 r.

Murowana, niewielka świątynia z początku XVII wieku otrzymała zadziwiająco bogaty program dekoracyjny i funkcjonalny jak na kościółek przyszpitalny: Bogato udekorowano sterczynowe szczyty kościoła - zachodni oraz wschodni oddzielający prezbiterium od nawy. Zadbano o estetyczny wygląd komina wznoszącego się nad segmentem zakrystii, fryzu i gzymsu wieńczącego - ożywionego na narożach puttami oraz okien, które otaczała niegdyś malowana zapewne szeroka opaska tynkowa.

Okienko korytarza prowadzącego z empory muzycznej do dwóch izb nad zakrystią zdobi płaskorzeźbiony maszkaron.

O artystyczną oprawę zadbano także we wnętrzu. W zakrystii przetrwał do naszych czasów kominek o piaskowcowym, niegdyś polichromowanym zwieńczeniu, rzeźbione w kamieniu lawabo oraz wspaniałe drzwi z malarską imitacją pasowego okucia. W skromnym wnętrzu, nakrytym sklepieniem dekorowanym stiukowymi listwami układanymi w geometryczne wzory i wzbogaconym aplikacjami płaskorzeźb, główny akcent stanowi manierystyczny ołtarz główny z 1618 roku.

Zasadnicze znaczenie dla rekonstrukcji funkcji kościoła ma jednak empora zachodnia oraz dwuizbowe lokum położone nad zakrystią. Pełniło ono szczególnie eksponowane funkcje, skoro obie izby wyposażono w dekoracyjnie opracowane kominki, bogatą (dobrze zachowaną) polichromię ścian i sklepień, a także okienko z siedziskami (w I izbie) oraz piec (dziś nieistniejący - w pomieszczeniu II). W większym lokum (II izba) założono także niszę z klęcznikiem i oknem otwartym na kościół. Taki układ nie pozostawia wątpliwości co do interpretacji większej ogrzewanej izby. Pomieszczenie nad zakrystią przeznaczono dla szczególnie znaczących postaci – właścicieli miasta, fundatorów kościoła.

Świątynia pod wezwaniem św. Anny pełniła przede wszystkim funkcję kaplicy dworskiej, stanowiła również założenie obronne, w swej istocie ściśle powiązane z dworem Tęczyńskich – do dziś w ścianie północnej zachowały się otwory strzelnicze.

Na obrazie w lewym dolnym rogu ołtarza przedstawiono duchownego fundatora ołtarza, którego identyfikuje się z księdzem Stanisławem z Zalesia Lisowiczem. Wizerunkowi proboszcza końskowolskiego i prepozyta szpitalnego towarzyszy też znak herbowy w kształcie tarczy, na której przedstawiono czerwone serce przekute strzałą. Ksiądz Stanisław Lisowicz został najprawdopodobniej pochowany w kościółku św. Anny.